韦恩图

工具:Venny2.0

地址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

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升级版韦恩图
jvenn: 可做到6个

基因预测

工具:FGENESH

地址:http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

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phylogenetic

工具:iTOL

地址:http://itol.embl.de/index.shtml

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工具:Evolview v3

工具:在线构建进化树 IQTREE Web Server: Fast and accurate phylogenetic trees under maximum likelihood

启动子区预测

工具:Promoter Scan

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

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蛋白质一级结构分析

工具:PredictProte

地址:https://www.predictprotein.org/home

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工具:ExPASy-ProtParam tool

地址:http://web.expasy.org/protparam/

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蛋白质磷酸化位点

NetPhos 2.0

信号肽

工具:SignalP

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

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跨膜结构域

工具:TMHMM Server v. 2.0

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

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蛋白质亚细胞定位

工具:PSORT II Prediction

地址:http://psort.hgc.jp/form2.html

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TargetP 1.1 Server

蛋白质三级结构预测

工具:SWISS-MODEL

地址:http://swissmodel.expasy.org/interactive

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短序列拼接

工具:Cap3

地址:http://doua.prabi.fr/software/cap3

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多序列比对相似性展示

工具:SimiTriX-SimiTetra

地址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

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Ternary plot

多序列比对可视化

MView: A multiple alignment viewer
AlignmentViewer

绘制GO注释结果

工具:WEGO(Web Gene Ontology Annotation Plotting)

地址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

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元数据可视化

Web-Igloo:Interactively visualizing multivariate data without feature decomposition

蛋白质domain

工具:Pfam database

地址:http://pfam.xfam.org/

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基因组杂合性评估

工具:GenomeScope(Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach)

地址:http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

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circos图

工具:CIRCOS(可以用来画基因组数据的环状图,也可以用来绘制其它数据的相关环状图。)

地址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

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  1. 需要注意的是上传数据格式为空格或tab分隔的txt格式纯文本列表文件,值均为非负整数,若存在缺失值,用“-”线代替,若有小数,每一个单元格乘以某一值(如1000),化为整数,且每个单元格中只能有数字,其他任何符号都不行,除了缺失的“-”,(1555,而不是1555)。
  2. 在线版只能绘制75阶方阵数据,若需要绘制较复杂的请下载Circos and use the tableviewer tool。
  3. 每一个标签所对应半圈的总长度为这一标签所对应的所有值的和,不同半圈间连线表示这两标签所表示的值。

References