Online tools for Bioinformatics

韦恩图

工具:Venny2.0

地址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

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基因预测

工具:FGENESH

地址:http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

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phylogenetic

工具:iTOL

地址:http://itol.embl.de/index.shtml

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启动子区预测

工具:Promoter Scan

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

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蛋白质一级结构分析

工具:PredictProte

地址:https://www.predictprotein.org/home

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工具:ExPASy-ProtParam tool

地址:http://web.expasy.org/protparam/

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信号肽

工具:SignalP

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

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跨膜结构域

工具:TMHMM Server v. 2.0**

地址:http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

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蛋白质亚细胞定位

工具:PSORT II Prediction

地址:http://psort.hgc.jp/form2.html

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蛋白质三级结构预测

工具:SWISS-MODEL

地址:http://swissmodel.expasy.org/interactive

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短序列拼接

工具:Cap3

地址:http://doua.prabi.fr/software/cap3

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多序列比对相似性展示

工具:SimiTriX-SimiTetra

地址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

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绘制GO注释结果

工具:WEGO(Web Gene Ontology Annotation Plotting)

地址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

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蛋白质domain

工具:Pfam database

地址:http://pfam.xfam.org/

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基因组杂合性评估

工具:GenomeScope(Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach)

地址:http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

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circos图

工具:CIRCOS(可以用来画基因组数据的环状图,也可以用来绘制其它数据的相关环状图。)

地址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

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  1. 需要注意的是上传数据格式为空格或tab分隔的txt格式纯文本列表文件,值均为非负整数,若存在缺失值,用“-”线代替,若有小数,每一个单元格乘以某一值(如1000),化为整数,且每个单元格中只能有数字,其他任何符号都不行,除了缺失的“-”,(1555,而不是1555)。
  2. 在线版只能绘制75阶方阵数据,若需要绘制较复杂的请下载Circos and use the tableviewer tool。
  3. 每一个标签所对应半圈的总长度为这一标签所对应的所有值的和,不同半圈间连线表示这两标签所表示的值。

References

CHENYUAN

CHENYUAN
Pursuing the dream and the best future

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因为不想遗忘! 在这个信息大爆炸的年代,最重要的是对知识的消化-吸收-重铸。每天学了很多东西,但是理解的多少,以及能够运用多少是日后成功的关键。作为一个PhD,大脑中充斥了太多的东西,同时随着年龄的增长,难免会忘掉很多事情。所以只是为了在众多教程中写一个自己用到的,与自己...… Continue reading