Figures for publication
发表文章的图片包括两种类型：
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使用设备或者仪器拍摄采集的图片，包括显微镜、扫描仪及摄像机等所拍照片;
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由数据先绘制成图表、再导出生成的图片，主要包括各种点线图、柱状图、饼图和各种统计图等。
通过总结分析发现，图表规范主要涉及图表的设计、图片的格式、分辨率、颜色模型、尺寸等。
作图基本原则
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首选Nature的“作者指南” ，按此标准修改基本可满足所有学术杂志要求
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数据分析结果一律采用矢量图，编辑和排版用AI，它很容易达到Nature出版级的全部要求
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排版前需用AI建立绘图区，如Nature为两栏，Sciences为三栏等
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R作图可使用
ggsci选择杂志推荐配色更专业 -
图形中文字的字体保持统一, 一般使用
Helevetica或Arial -
符号一般使用
Symbol字体, 常见符号有′,β等 -
Panel的字号(A,B,C,D)一般比其余的文字大一号, 上下左右对齐
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文字大小7或8磅，根据布局可最小至5磅
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文字特别密集的地方字体可适当缩小, 原则是看着协调
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图和图之间的距离在空间允许的情况下尽可能的大
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一篇文稿所有柱状图理论上柱子的宽度保持一致
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柱状图的
Error bar宽度一致 -
坐标轴上的刻度尺宽度, 长度一致
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坐标轴的宽度、颜色一致
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线宽为0.25 - 1 磅
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胶图的泳道对齐
作图中的要点注意
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标准化, 便于位置调整
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- 从最开始作图, 到文章投稿、修改、定稿, 中间会不断调整, 子图会根据文章需要不断删减, 调整位置。因此标准化之后, 就可以很简单的互换位置就可以了
- 每个子图的长宽尽量一致
- 每个相似子图内部元素的特征一致, 比如柱子的宽度 (
6 mm), 柱子之间的距离, 坐标轴的刻度的宽度 (0.7 mm), 误差线的宽度 (1 mm), P-value连接线宽度 (6 mm), 胶图泳道的宽度等
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合理利用对齐工具, 左右对齐、横向分布、纵向分布等, 即保证对齐效果, 又免去人为调整的繁琐
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在选择单个元素时尽量使用直接选择工具
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作图要做到自己满意, 自己对自己负责；当你觉得一个地方不合适需要调整时, 一定要及时修改；如果怕麻烦现在没调整, 过几天别人发现或自己觉得不舒服也还是会再调整的。所有要做好充足的准备和充足的工作
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一定要保留备份。每次大的修改都要保留原始版本, 因为不知道明天是否还会改回来
矢量图和标量图
矢量图(Vetogram) 是使用直线和曲线来描述图形, 这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等等, 它们都是通过数学公式计算获得的。矢量图形最大的优点是文件容量较小，无论放大、缩小或旋转等不会失真，和分辨率无关，适用于图形设计、文字设计、标志设计、版式设计等。最大的缺点是难以表现色彩层次丰富的逼真图像效果。常见的矢量图有PDF, SVG, EPS, AI 等格式。如果图形中有文字, 并且文字可以复制, 则可初步判断为矢量图。
与矢量图相对应的就是标量图/位图(bitmap)了, 常见的 tif, png, jpg, gif, bmp, psd 格式等, 是由像素点构成, 当放大图像时，像素点也放大了，但每个像素点表示的颜色是单一的，所以在位图放大到一定程度会出现马赛克效果。图中的文字不可复制, 元素不可拆分。处理位图时，输出图像的质量决定于处理过程开始时设置的分辨率高低。
矢量图与位图最大的区别是：它不受分辨率的影响。因此在印刷时，可以任意放大或缩小图形而不会影响出图的清晰度，可以按最高分辨率显示到输出设备上。大多数的学术期刊要求图片为 TIFF 格式或EPS 矢量图，并且要形成独立文件。所以，最好在图表转换成图片时，就将图片格式设定为.tiff或者.tif的位图、或*.eps的矢量图形式。
矢量图的制作
- 常规图：
Excel, 生成的图可以直接拷贝到AI里面修改R,Perl,Python等程序语言输出pdf,eps格式的图
- 常用工具的出图：
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二代测序出图
UCSC–PDF;IGV–SVG;epigenomegateway-SVG等 -
Motif
Weblogo-eps -
作图软件 Graphpad
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矢量图编辑工具
主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。适用之后, 从稳定性还是易用性来讲, Adobe illustrator是最好的一款。但是是收费软件, 在线会有一些试用版, 供测试时用。
图片的物理尺寸
一般情况只会规定一下宽度，半幅(单栏)在7.5cm 左右，全幅(双栏)在15cm 左右，不同期刊的要求会略有差异。如果图表是单栏放置，尽量使图表大小控制在7.5cm以内；如果是全幅展示，尽量使图表大小控制在15cm以内。
图片的标注格式
通常期刊投稿都会对图片的标注格式有所要求，比如图表中坐标轴轴名、图例等。所有图表中的英文标注都使用Arial, Helvetica 或 Times New Roman字体，中文标注会使用“宋体”或“黑体”字体，其中“宋体”用于正文，“黑体”用于标题。
图片的尺寸最好设定成你想展示在印刷期刊的大小。 在这个大小下，图片标注最佳的字体大小为8磅，保证图表标注的字体不过大占用太多空间、也不过小导致无法读者看清。
图片的分辨率(resolution)
图像质量主要取决于图像的分辨率与颜色种类（位深度）。图像的分辨率是图像中存储的信息量，是每英寸图像内有多少个像素点。
分辨率的单位:
ppi (pixelsper inch): 图像分辨率（在图像中，每英寸所包含的像素数目）。
dpi (DotsPer Inch): 打印分辨率（每英寸所能打印的点数，即打印精度）
一个相当于电脑屏幕的输出(ppi)，一个相当于打印机的输出(dpi)，你只要ppi设为1000，一般打印的分辨率就为1000 dpi，两者在数值上是等量的。
Windows系统中位图的图片分辨率查看方法: 右击图片-属性-细节。
图片尺寸与分辨率、物理尺寸的计算关系：
图像尺寸（垂直或水平像素数目）(pixels)=分辨率(dpi)× 实际物理尺寸 (inch)
大多数期刊对不同的图片也会有不同的分辨率要求，论文中的图片可以主要分成三种类型：
Halftoneartwork: 彩色或者灰度图片。分辨率 (DPI/PPI) 要求为：300
Combination artwork: 包含标注或细线的图片。分辨率 (DPI/PPI) 要求为：600
Line artwork: 没有中间颜色的黑白图片。分辨率 (DPI/PPI) 要求为：1200
根据投稿期刊具体确定图片的分辨率要求。在不超出期刊投稿的最大文件大小下，尽量使用高分辨率的图片。
图片的色彩要求
大部分国内的期刊杂志要求黑白的论文图表；国外大部分的期刊杂志允许彩色的图表。科学论文图表基本是按照《Author Guidelines》的要求来制作的。最大的区别在于色彩，优秀的图表配色能够给人一种赏心悦目的感觉，更能激起读者对文章内容的兴趣。
图片的色彩模式主要分为两种：RGB和CMYK，其中 RGB 用于数码设备上；CMYK为印刷业通用标准。
由于人的肉眼有三种不同颜色的感光体，因此色彩空间通常可以用三种基本色来表达，这三种颜色被称为“三原色”。其中的原色是指不能通过其他颜色的混合调配而得到的基本色。以不同的比例将原色混合就可以理论上，三原色可以调配出所有其他颜色，而其他颜色不能调配出三原色。三原色包括:
光三原色 (red,green and blue, RGB，也被称为三基色): 通过对红、绿、蓝三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的，这个标准几乎包括了人类视力所能感知的所有颜色，是目前运用最广的颜色系统之一。 RGB的取值范围是0～255。
颜料三原色 (cyan, magenta and yellow, CMY): 用于印刷的四色模式。利用色料的三原色混色原理，加上黑色油墨，共计四种颜色混合叠加。K：定位套版色（黑色）(KeyPlate(black) )。CMYK的数值范围为0%～100%。
多数期刊在稿件接受出版阶段会要求图片为CMYK色彩，但现在很多期刊都是有网络版的，且RGB图比CMYK 图表现出的效果好，色彩亮丽，更适合出现在网络上。而由RGB转变为CMYK 模式容易，但是由CMYK 模式转变为RGB模式，图像的表现力却会下降。所以很多期刊都逐渐接受RGB颜色模式的图片。
更多关于图片色彩搭配的知识可以参考生信宝典微信公众号
图形导出
根据杂志要求的格式和分辨率导出。可以导出为PDF、TIFF格式；推荐用PhotoShop导出, 分辨率高, 文件小。
