Cancer Database

综合性肿瘤数据库

TCGA

The Cancer Genome Atlas (TCGA) 是综合性肿瘤数据库，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。

由于TCGA是一个庞大的，使用最为广泛的数据库，所以详细介绍在另一个专题。

International Cancer Genome Consortium (ICGC，国际癌症基因组联盟) 由亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目，包括25,000个肿瘤基因组。目的是 To obtain a comprehensive description of genomic, transcriptomic and epigenomic changes in 50 different tumor types and/or subtypes which are of clinical and societal importance across the globe.

在ICGC Data Portal 输入想要查询的内容即可在线使用。

点击 ICGC Data Portal - Cancer Projects 可以看出TP53依然是突变频率最高的基因。通过左侧的选择栏，还可以看不同肿瘤类型和很多不同国家人群的情况。在该页面下方还有突变整体比较的图，每个点表示每个个体外显子区每MB区域体细胞突变的数目，不同区域的不同癌症归为一组展示。澳大利亚的皮肤癌(MELA-AU)整体突变率最高，英国的慢性骨髓病（CMDI-UK）突变频率最低。这里面有地域差异，也有疾病差别。

点击 ICGC Data Portal - Data Analysis 可以做在线富集分析，队列比较分析，集合分析和利用OncoGrid展示数据。

点击 ICGC Data Portal - DCC Data Releases，可以下载所有的突变数据的summary。

点击 ICGC Data Portal - Data Repositories，可以下载来自WGS，RNA-seq等的fasta/bam格式数据，但是需要先申请下载权限才可以。具体的要求在此。

如何使用搜索：

比如输入一个基因 (BRCA1)，Summary 有关于基因的详细信息。Mutations 有基因突变频率分布以及突变位点分布，所在基因组区域的展示，该基因最频繁突变位点，突变位点影响注释等。Targeting Compounds 有靶向突变位点的小分子化合物，对于药物设计有重要意义。以及小分子药物的属性、其它靶点、正在开展的临床试验等。

还可以搜索某一癌症类型(breast cancer)，会显示不同亚型和不同国家的该癌症的详细信息。

UCSC XENA

UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此不同的数据集之间可以组合比较。

热图的方式可以进行单基因和多基因的表达、突变、拷贝数变异、样品属性的关联展示。
对任何展示的变量(不同表型病人的比较，不同基因表达的比较，突变有无的比较，甲基化水平的变化)都可以进行生存分析，绘制KM-plot，计算其对病人生存率的影响。
热图可以根据任一变量排序，然后查看其它变量的变化。如根据药物处理状态排序，查看基因的表达或修饰的变化。

此外 Xena 提供了ICGC Data Portal的Chrome扩展，可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示 (好用不好用还没有有待进一步探索)。该数据库的网站提供了使用视频，可以参考一下。

COSMIC

Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer (COSMIC) 是世界上最大最全面的有关肿瘤的体细胞突变以及其影响的资源。主要提供多种肿瘤细胞基因组中的CNA、甲基化、基因融合、SNP及基因表达信息等。主页面分为项目、数据管理、工具、帮助、搜索框等几大块，简洁清晰。