Anaconda installation
Anaconda 是什么？
Anaconda 是一个可用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux、Mac、Windows系统，内置了常用的科学计算包。它解决了官方 Python 的两大痛点。
- 第一：提供了包管理功能，不仅解决各种包之间的依赖关系，而且还一并搞定系统依赖
- 第二：提供环境管理的功能，功能类似 Virtualenv，解决了多版本Python并存、切换的问题。
现在除了Anaconda，还有精简的miniconda和专门为生物信息准备的bioconda，虽然名字不一样，只是默认安装时带的package不一样而已，使用方法并没什么区别。
下载安装Anaconda
直接在官网安装包， 选择 Python3.6 的安装包进行下载，下载完成后直接安装，大约需要1.8G的磁盘空间。
安装Anaconda时不要以root权限安装，安装过程最好选择默认选项，最后在Linux的用户目录下创建一个叫anconda2文件夹。这样的好处，同一台主机的不同用户可以安装自己的anaconda，配置自己的Python环境，大家不相互影响。
对于Windows安装时，anaconda会自动将添加PATH环境变量；对于Mac，Linux安装时，我们需要手动添加PATH环境变量，如下操作：
echo 'export PATH="~/anaconda2/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
#将anaconda的bin目录加入PATH，根据版本不同，也可能是~/anaconda3/bin
source ~/.bashrc #更新bashrc以立即生效
conda --version #检查是否安装成功
conda的环境管理
conda 是 Anaconda 下用于包管理和环境管理的工具，功能上类似 pip 和 vitualenv 的组合。安装成功后 conda 会默认加入到环境变量中，因此可直接在命令行窗口运行命令 conda
conda 的环境管理与 virtualenv 是基本上是类似的操作。Conda命令可以允许安装不同Python版本的包，并且能够自由切换。假设我们安装的是Python2.7版的anaconda,现在我们想在此anaconda安装Python3.6和其相关的包。我们需要做的操作如下所示：
conda -h #查看帮助
conda create --name python36 python=3.6 #基于python3.6版本创建一个名字为python36的环境
#创建一个名为python36的环境，指定Python版本是3.6(不用管是3.6.x，conda会为我们自动寻找3.6.x中的最新版本)
#安装好后，使用activate激活某个环境. 激活后，会发现terminal输入的地方多了python36的字样，因为系统把默认2.7环境从PATH中去除，把3.6对应的命令加入PATH
activate python36 #for Windows
source activate python36 #for Linux & Mac
python -V #检查python版本，显示是3.6
#如果想返回默认的python 2.7环境，运行
deactivate python36 #for Windows
source deactivate python36 #for Linux & Mac
#删除创建的的python36环境(两种方法)
conda remove -n python36 --all
conda env remove -n python36
# 查看所有安装的环境
conda info -e (当前被激活的环境会显示*)
python36 * D:\Programs\Anaconda3\envs\python36
root D:\Programs\Anaconda3
conda 的包管理功能和 pip 是一样的，选择 pip 来安装包也是没问题的
conda install matplotlib # 安装matplotlib
conda list #查看已安装的包(最新版的conda是从site-packages文件夹中搜索已经安装的包，不依赖于pip，因此可以显示出通过各种方式安装的包)
conda update matplotlib #包更新
conda remove matplotlib #删除包
在 conda 中 anything is a package。conda 本身可以看作是一个包，python 环境可以看作是一个包，anaconda 也可以看作是一个包，因此除了普通的第三方包支持更新之外，这3个包也支持。比如：
conda update conda #更新conda本身
conda update anaconda #更新anaconda 应用
conda update python #更新python，假设当前python环境是3.6.1，而最新版本是3.6.2，那么就会升级到3.6.2
修改镜像地址
Anaconda 的镜像地址默认在国外，用 conda 安装包的时候会很慢，目前可用的国内镜像源地址有清华大学的。修改 ~/.condarc (Linux/Mac) 或 C:\Users\当前用户名\.condarc (Windows) 配置：
# 添加Anaconda的TUNA镜像(TUNA的help中镜像地址加有引号，需要去掉)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
